 An der Stelle des heutigen Karmelitenklosters in Bamberg befindet sich bereits Anfang des 12. Jahrhunderts ein Spital, das dem Domkapitel gehört (zumindest ist dies für 1139 nachweisbar). 1157 erhält die Witwe Gertrud des Pfalzgrafen Hermann von Stahleck als Schwester König Konrads III die Anlage, um hier ein Zisterzienserinnenkloster mit Ordensschwestern aus Wechterswinkel (Grabfeld / Rhön) einzurichten. Zu einem nicht genau zu fassenden Punkt im 13./14. Jhdt. wechselt das Kloster die Ordenszugehörigkeit und erscheint nun als Benediktinnerinnenabtei.
Die entsprechende Klosterkirche wird in der Phase von 1177-1200 erbaut und zeigt sich nun als dreischiffige Pfeilerbasilika mit Doppelturmfassade. Der Kapitelsaal wird um 1200 errichtet, der Kreuzgang im 14. Jahrhundert neu gebaut.
Ursprünglich lassen sich die Karmeliten in Bamberg in der Mitte des 13. Jahrhunderts nieder. Zumindest wird angenommen, dass sie vor 1273 ein Kloster in der Au an der Stelle der heutigen Martinskirche errichten. Die erste Schriftquelle hierfür ist der Reversbrief des deutschen Karmelitenprovinzials Hermann (1279). Darin wird eine enge Bindung an Bischof Berthold von Leiningen erkennbar. Die Urkunde spricht von einem Gelände mit einer Wohnstatt für den Konvent, ein kleines Haus und einen kleinen Garten sowie einen eigenen Friedhof für Ordensbrüder. Hinzu kommt ein Oratorium.
Das Benediktinnerinnenkloster wird 1554 aufgelöst und kommt 1589 an die Karmeliten, denen das Aukloster zu klein geworden ist. Kurzzeitig ist auch ein Umzug des Konvents nach Neunkirchen im Gespräch, wird aber wieder verworfen. Bereits 1592/93 errichten diese den Bibliothekstrakt, der 1675 deutlich umgestaltet wird. In den Jahren nach 1692 bis zur Weihe 1716 erfolgt eine Umgestaltung der Kirche durch Leonhard Dientzenhofer unter Einbeziehung der mittelalterlichen Substanz. Auch der Konventsbau wird noch einmal bedeutend umgebaut, nach Plänen Balthasar Neumanns in den Jahren nach 1737.
Nach einer Phase der profanen Nutzung des Klosters 1803-1902 ist das Karmel nun wieder von Karmeliten besiedelt. Kurz nach der Säkularisierung wird der Nordturm abgerissen, so dass heute nur noch der Südturm aus dem Mittelalter überkommen ist.
 Generell fokussiert eine Betrachtung der mittelalterlichen Relikte an der Klosteranlage bzw. der Kirche St. Theodor relativ schnell auf die Westfassade und den Südturm, die - auf Grund der Profile an den Gewändestufen - wohl um 1200 herum errichtet wurde. Die oberen Stockwerke des Turmes stammen aus dem mittleren 14. Jahrhundert, der Turmhelm nach einem Blitzeinschlag aus dem Jahr 1797.
 Das heute vermauerte Portal selbst zeigt Steinschmuck, der durch Vergleichsdatierung etwas eher zu setzen ist als die eigentliche Fassade, nämlich auf die Phase 1170-80 (vergleiche Nürnberg: Burgkapelle; Hagenau im Elsaß: Pfalz). Vergleichbare Portale finden sich in unserer Region lediglich in Großbirkach - Pfarrkirche, am Bamberger Dom (Adamspforte) und an der Bronner Pfarrkirche.
 Der Kreuzgang selbst zeigt sich teilweise noch als Relikt des späten 14. Jahrhunderts mit reichhaltiger Bauplastik. Unter dem Nordflügel befindet sich ein kreuzrippengewölbter Gang, der auf ca. 1470 datiert wird.
Viele Säulenverzierungen datieren zurück in die romanische Bauphase (spätes 12. Jahrhundert) und zeigen Tiergestalten und florale Ornamente.
 Obwohl nach der Auflösung des Klosters die Inneneinrichtung in sämtliche Winde zerstreut wurde, zeigt sich die Kirche heute wieder im barocken Gewand. Jedoch stammen nur der Josephsaltar und die Kanzel wirklich aus der Zeit um 1700, die restliche Ausstattung sind Neuschaffungen aus der Phase der Wiedereinrichtung des Klosters Anfang des 20. Jahrhunderts.
 Der Konventsbau selbst zeigt sich zum Teil im Kern noch als Bau von ca. 1470, wird aber von den Baumaßnahmen des 17. Jahrhunderts domiert. Der Bibliotheksbau mit seinen Stuckfiguren erscheint noch im Gewand der Erbauung 1675.
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