 Das heutige Schlüsselau heißt ursprünglich Seppendorf und wird um 800 herum aus der Schnaid / Hallerndorf besiedelt. Der Ortsname könnte damit auf einen Seppo zurück gehen. Die erste urkundliche Erwähnung feiert Seppendorf für 1109, als es von Bischof Otto im Stiftungsbrief für das Kollegiatsstift St. Jakob aufgezählt wird. In der Mitte des 13. Jahrhunderts wechselt Seppendorf dann wieder den Besitzer und kommt an die Edelfreien von Schlüsselberg, vermutlich als Dank für die Unterstützung in der Frage der Meranier-Nachfolge.
 Um 1280 stiftet Eberhard IV von Schlüsselberg zu Seppendorf ein Zisterzienserinnenkloster als Hauskloster und Grablege der Schlüsselberger, das von Mariaburghausen aus besiedelt wird. Den ersten Beleg hierfür liefert eine Urkunde Bischofs Arnold von Bamberg 1290. Vollendet wird dieses Kloster unter Eberhards Neffen Gottfried I von Schlüsselberg um 1300. Von nun an werden Ort und Kloster Schlüsselau genannt. Geistliche Aufsicht hat der Abt von Kloster Langheim, weltlichen Schutz stellt die Stifterfamilie. Vermutlich ist diese erste Kirche Maria geweiht, wie bei Zisterzienserinnen üblich.
Nach dem Tod des letzten Schlüsselbergers Konrad II auf der Neideck 1347 kann dieser nicht in der Kirche bestattet werden, da er unter Bann steht. Also wird er außen an der Chormauer beigesetzt. Die Stelle wird mit einem Kreuz markiert. Womit sonst.
Nach der ersten Äbtissin Gisela, Tochter Eberhards, folgen 1309 Elisabeth von Eckersdorf, 1334-79 Anna von Schlüsselberg (Tochter Konrads I von Schlüsselberg), Anna von Zollern, Osanna von Streitberg, Kunigunde Stiebar, Elisabeth von Wiesenthau, Margarethe von Egloffstein, Brigitta Haut, Katharina von Aisch, Ursula von Truppach und Brigitta von Stiebar.
Zunächst werden nur adlige Schwestern aufgenommen (u.a. Giech, Hirschaid, Neustätter, Stürmer, Stiebar von Buttenheim, Christianz und Egloffstein), ab dem 14. Jahrhundert auch reiche Patriziertöchter aus Nürnberg und Bamberg. Die Äbstissin wird vom Konvent gewählt, ihre Stellvertreterin ist die Priorin. Für weltliche Arbeiten sind Laienbrüder unter Leitung eines Probstes (hier gleichzeitig Vogt) zuständig, die meist aus dem Kloster Langheim entsandt werden.
Weitere Stiftungen im 14. Jahrhundert lassen das Kloster seinen Grundbesitz ausbauen: Leuchtenberger, Hohenlohe-Brauneck, Gründlach, Bischof und Geistliche aus Bamberg. In Bamberg wird am Mittleren Kaulberg ein steuerlich befreites Haus für den Konvent eingerichtet, das als Rückzugsort für den Kriegsfall und für den Absatz der Eigenproduktion. Auf der Höhe des Konvents besitzt dieser über 260 Grundbesitzurkunden und aus dem schlüsselbergischen Nachlass Besitz an der Wiesent von Oberfellendorf über Ebermannstadt bis Pretzfeld und in Wimmelbach, Kersbach und Oberzaunsbach. Im frühen 15. Jahrhundert gerät das Kloster nach und nach in finanzielle Probleme und muss Besitz veräußern.
Im Bauernkrieg 1525 zieht eine Rotte von Bauern unter der Führung Georg Schneiders von Hallstadt über Wachenroth nach Schlüsselau und plündert das Kloster, während sich der Konvent im Stadthaus zu Bamberg aufhält. Eine zweite Rotte greift das Kloster später ein zweites Mal an und zündet es an. Trotz Reparaturen und der Einräumung von Privilegien durch Kaiser Karl V 1538 befindet sich das Kloster nun im Niedergang.
Nach schweren Zerstörungen im Zweiten Markgrafenkrieg 1553 wird das Kloster 1554 durch Papst Julius III aufgelöst und kommt zurück an das Hochstift Bamberg. Nun wird hier das Amt Schlüsselau eingerichtet und mit Verwaltern ausgestattet. Der Epitaph der letzten Äbtissin Brigitta befindet sich heute in der Kirche in Buttenheim.
Erst unter Fürstbischof Gebsattel werden ab 1601 umfangreiche Instandsetzungsmaßnahmen durchgeführt und die Kirche nun der Heiligen Dreifaltigkeit geweiht. Vom eigentlichen Kloster haben sich nur noch geringe Spuren des Kreuzganges erhalten, sowie der unter Gebsattel 1603 errichtete Bau mit Spätrenaissanceportal und Volutengiebeln.
 Die heutige katholische Pfarrkirche Hl. Dreifaltigkeit ist die ehemalige Klosterkirche im Stil der Zisterzienserinnenkirchen, das heißt turmlos mit tiefer Nonnenempore im Westen - letztere wird allerdings später entfernt. Ein erster Bau bis zum zweiten Langhausjoch entsteht um 1300. In der Mitte des 14. Jahrhunderts wird das Langhaus auf die heutige Länge ausgebaut. Bereits 1528 muss die Kirche nach einem Brand wiederhergestellt werden, 1603 folgen die angesprochenen Arbeiten nach der Zerstörung des Klosters 1553. Weitere Arbeiten an der Kirche folgen 1753/65 und an der Westfassade 1895, das heutige Westportal stammt aus dm 18. Jahrhundert.
 Die Ausstattung stamm im Gros aus dem Jahr 1730 von Martin Walter. Der Hochaltar zeigt im Altarblatt um 1600 einen Gnadenstuhl des Malers Johann Georg Conrad nach einer Vorlage eines Holzschnittes von Albrecht Dürer von 1511, der Rest wird 1730 verlängert und übermalt. Auch die Kanzel stammt von 1733.
 Eine Besonderheit ist die Vespergruppe aus gebranntem Ton, vermutlich eine Nürnberger Arbeit um 1420. Diese ist ein Vertreter des sogenannten weichen Stils.
 Der alte Hochaltar (um 1603) hängt heute an der Südwand und zeigt zwölf kleine Passionsreliefs aus dem 16. Jahrhundert als Rahmen einer Schmerzhaften Dreifaltigkeit. Die Werktagsseite des Altares zeigt das Gleichnis vom Barmherzigen Samariter.
 Über dem alten Hochaltar hängt ein Gemälde der Heiligen Sippe. Dieses stammt vermutlich aus dem frühen 16. Jahrhundert und wurde in Nachfolge Dürers angefertigt.
 Ebenfalls an der Südwand hängt ein überlebensgroßes Kruzifix, vermutlich ursprünglich aus Bamberg. Es ist in die zweite Hälfte des 14. Jahrhunderts zu verorten, allerdings werden die Evangelistensymbole an den Enden um 1600 erneuert.
 Aus der gleichen Zeit (zweite Hälfte 14. Jahrhundert) stammt ein Steinrelief mit einer Deesis mit Jüngstem Gericht.
 Vor dem Altar befindet sich das wichtigste Kleinod der Kirche in Form des Kenotaphs Gottfrieds von Schlüsselberg, der 1307 verstorben ist. Dieses befand sich ursprünglich auf vier Säulen in der Mitte des Presbyteriums und zeigt das Wappen der Schlüsselberger. Die Inschrift lautet "Anno domini MCCCVIII nonas Junii obiit dilectus Gotfridus de Sluzzelberg fundator ecclesie istius" (Im Jahre des Herrn 1308 am 5. Juni, starb der ehrenwerte Gottfried von Schlüsselberg, der Gründer dieser Kirche).
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