 Besondere Bedeutung hat die Tatsache, dass sich Bischof Otto I der Heilige 1139 in St. Michael beisetzen lässt. Ursprünglich steht sein Grab frei im Kircheninneren, wird aber 1725 beim barocken Umbau in eine Krypta unter dem Hochchor auf Altarhöhe verlegt.
Eine ältere Grabfigur aus Sandstein ist uns aus der Zeit um 1287/88 erhalten. Sie stammt vermutlich von einem Würzburger Künstler, der auch für die Abtei Ebrach arbeitet. Sehr interessant ist hier das voll ausgeführte Programm bischöflicher Insignien: Pallium, Mitra, Stab und Buch.
 Das eigentliche verehrte Grab Ottos des Heiligen wird erst 1335/40 aus Sandstein errichtet und ist seitdem Ziel von Pilgerreisen, wobei der Durchbruch an der Unterseite als Durchschlupf besondere Wirkungen haben soll, vor allem bei Rückenschmerzen. Der Zustrom der Pilger wird durch das wunderartige Überleben des Grabes beim Brand von 1610 eher noch verstärkt. Die Deckplatte zeigt eine Liegefigur des Heiligen. An den Seiten werden diverse Figuren gezeigt: Maria, St. Michael, St. Kilian, St. Laurentius, Johannes der Täufer, Johannes der Evangelist, Stephanus, Heinrich und Kunigunde.
 Neben dem Grab befindet sich eine Vitrine, in der eine Kasel, ein Hirtenstab und eine Mitra zur Schau gestellt werden. Diese werden Otto zugeschrieben. Offenbar sind zumindest Stab und Mitra tatsächlich aus dem 12. Jahrhundert.
 Neben dem Eingang zur Sakristei steht ein Schmerzensmann, der 1350 durch Abt Walter von Stoltzenrode gestiftet wird.
Die restliche Ausstattung der Kirche, darunter zahlreiche Altäre und die Skulptur des Heiligen Grabes in der Heilig-Grab-Kapelle geht im Wesentlichen auf die erste Hälfte des 18. Jahrhunderts zurück.
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