 Als eines der ersten Zisterzienserklöster im deutschen Gebiet überhaupt wird die Abtei Ebrach 1127 durch den Ministerialen Berno von Ebrach, der hier offenbar seinen Stammsitz hatte, gestiftet. Mutterkloster ist Morimond. Zunächst steht das Kloster in der Gunst der Staufer - Konrad III lässt hier Frau Gertrud und Sohn Friedrich bestatten. Zudem kommt es im 12. Jhdt. wiederholt zur Gewährung von kaiserlichen und päpstlichen Privilegien.
Trotz dieser Bevorzugung muss das Kloster im späten Mittelalter und der Neuzeit vergeblich gegen die Bestrebungen des Würzburger Bischofs um die Reichsunmittelbarkeit kämpfen. 1803 wird es im Zuge der Säkularisierung aufgehoben.
 Die ehemalige Klosterkirche St. Maria, Johannes Ev. und Nikolaus, ist heute Pfarrkirche. Die Erstweihe einer Abteikirche ist für 1134 nachweisbar. Dieses Gebäude befindet sich vermutlich im Bereich des heutigen Presbyteriums.
Dieser Erstbau wird aber 1200-1285 völlig überbaut und im Zuge der Neuzeit vor allem im Inneren mehrfach grundlegend umgestaltet. Der Fortschritt der Bauarbeiten kann im Inneren der Kirche gut nachvollzogen werden:
 Ältester erhaltener Gebäudeteil ist die spätromanische Michaelskapelle, die nach der Grundsteinlegung am 4. Juni 1200 als erster Teil der Kirche errichtet wird und nach ihrer Weihe 1207 während der Bauarbeiten als erste Kirche des Neubaus dient. Diese Kapelle bildet in ihrer Form einen eigenständigen Kirchenbau an der Nordseite der Hauptkirche, mit einem eigenen Chor.
Nun wird sukzessive der Ostteil der Kirche (also der Chorbereich) fertig gestellt: 1211 werden die Nordquerarmkapellen geweiht, 1218 die nördliche, 1221 die östliche und die südliche Chorquerarmkapelle, 1239 dann die Südquerarmkapellen. Etwa um 1240 sind damit Chor und Querhaus der neuen Kirche im zisterziensisch-burgundischen Stil vollendet. Nun wird das hochgotische Langhaus errichtet, bis etwa 1283. Die neue Kirche wird am 9. September 1285 neu geweiht.
Nach Zerstörungen im Bauernkrieg 1525 muss die Anlage überarbeitet werden: Die Westfassade erhält ihren oberen Abschluss 1580; das Innere wird 1614 neu ausgemalt und ausgestattet. Es folgt im Dreißigjährigen Krieg eine neue Plünderung (1631), die zu neuen Malerarbeiten in Chor und Querhaus um 1650 führen und eine Erneuerung des Daches bis 1716 (Fertigstellung des Reiters) zur Folge haben. Die deutlichste Umgestaltung erfährt das Innere der Kirche aber erst in der Phase 1778-91.
Außen ist die Kirche jedoch noch gut erhalten und stellt eine der bedeutendsten frühgotischen Kirchenbauten in Deutschland dar.
 Die Westfassade stamm aus der Bauphase um 1280. Die Fensterrosette ist eine Weiterentwicklung der Querhausrosette von Notre Dame in Paris - allerdings seit 1886 nur noch in Kopie. Das Original befindet sich im Bayrischen Nationalmuseum in München. Das Portal selbst wird von Figuren von 1648/49 flankiert.
 Im Inneren präsentiert sich die Kirche im barocken Gewand des ausgehenden 18. Jhdts. mit großzügiger Stuckmalerei Materno Bossis (1778-91). Von diesem stammt auch der barocke Hochaltar, das Altarblatt von H.G. Heyden ist jedoch älter (ca. 1650).
Hinter dem Hochaltar befinden sich zwei Epitaphien Würzburger Bischöfe um 1300 (Berthold von Sternberg und Mangold von Neuenburg) sowie die neuzeitlichen Grabplatten der Stauferkönigin Gertrud und ihres Sohnes Friedrich (um 1525 und im 17. Jahrhundert überarbeitet). In der Kirche befinden sich weitere Epitaphien, u.a. die ca. 1430 entstandene Doppelgrabplatte der Äbte Bartholomäus Fröwein (gest. 1430) und Heinrich Heppe (gest. 1426).
Ein weiterer Höhepunkt im Inneren der Kirche ist der Renaissancealtar des hl. Bernhard, das Hauptwerk des Nürnberger Veit Dümpel (1623-26) im Nordquerarm.
 Die Gebäude der Klosteranlage selbst stammen in ihrem heutigen Stand zwei Bauphasen aus dem späten 17. und dem frühen 18. Jhdt. Heute beherbergen diese Gebäude eine Justizvollzugsanstalt.
Die erste Bauphase erfolgt nach Plänen Johann Leonhard Dientzenhofers unter Beteiligung dessen Schwagers Balthasar Caminata. Nach der Grundsteinlegung 1687 werden der Ostflügel und Teile des Nordflügels und des inneren Längsflügels errichtet. Ebenso entstehen der Konventbau und die Bibliothek im Rohbau bis 1695. Bis 1702 erfolgt noch ein Innenausbau, danach werden die Arbeiten zunächst eingestellt.
Ein Bruch mit dieser Bauphase ergibt sich mit dem neuen Abt Wilhelm Sölners ab 1715, der die ursprünglichen Pläne Dientzenhofers zum Bau eines geschlossenen Rechtecks mit innerem Flügelkreuz verwirft. Neue Gebäude entstehen noch bis 1730-34, wobei umstritten ist, wer die Pläne hierfür entworfen hat (die Spekulationen reichen von Balthasar Neumann über Johann Dientzenhofer bis Maximilian von Welsch).
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