Bereits im Frühmittelalter befindet sich in der Nähe der heutigen katholischen Pfarrkirche St. Martin in Bamberg eine ca. 17m lange Saalkirche. Im 12. Jahrhundert wird dieser Bau durch eine romanische Basilika ersetzt, die urkundlich erstmals für 1194 nachgewiesen werden kann. Auch dieser Bau wird wieder ersetzt, und zwar im Laufe des 14. Jahrhunderts durch einen dreischiffigen Bau mit Turm. Diese Kirche ist St. Martin geweiht und ca. 65m lang. Sie dient ab 1474 als Oberpfarrei des Domkapiteös und wird vom jeweiligen Weihbischof betreut. In der Säkularisation wird die mittelalterliche Kirche 1804/05 abgrissen, um den heutigen Maximiliansplatz zu weichen. Aus diesem ursprünglichen Bau stammen die unten aufgeführten mittelalterlichen Kunstschätze. Andere sind in Ausstellungen in Bamberg (Diözesanmuseum, Kunstgalerie) oder z.B. Eichstätt gewandert.
 1803 zieht daher die Pfarrei St. Martin in die ehemalige Jesuitenkirche am Grünen Markt ein. Der Orden, der seit 1610 in der Stadt wirkt, benötigt schnell einen neuen Bau, der 1685 genehmigt und 1686-1691 nach Plänen Georg Dientzenhofers und unter der Leitung seine Bruders Leonhard Dientzenhofers schnell ausgeführt wird. Nach der Auflösung des Jesuitenordens 1773 wird die Kirche zur Universitätskirche umfunktioniert, doch im Zuge der Säkularisation wird auch diese Funktion obsolet. Vor dem Umbau durch die Jesuiten befindet sich hier ein Vorgängerbau, da sich an dieser Stelle - angeblich seit 1248 - zunächst eine Anlage der Karmeliten befindet, die 1589 gegen St. Theodor eintauschen, so dass sich das Klerikalseminar nun hier befindet, als dieses 1611 von den Jesuiten übernommen wird.
Nach Bauende (Fertigstellung des Turmes 1696) wird am Kolleg gearbeitet. Bauleitung hat nun P. Michael Wihl.
Die heutige Kirche hat eine herausragende Stellung unter den barocken Kirchen Bambergs und der Region, insbesondere durch die Fassade, die - wie auch viele andere Elemente - die spätbarocke Hinwendung zu Motiven der Renaissance zum Ausdruck bringt.
Besonders eindrucksvoll im Inneren ist hier das Kuppelfresko Giovanni Francesco Marchinis von 1716. Auch der Altar stammt aus dem frühen 18. Jhdt, wie insgesamt die meisten Altäre in der Kirche.
 Im Marienaltar befinden sich seit 1803 eine Figur aus der alten Kirche: In der Mittelnische ist eine hölzerne, gefasste Muttergottes aufgestellt, die dem Typus des freudvollen Vesperbildes zuzuordnen ist und daher in das frühe 14. Jahrhundert verortet werden kann und vermutlich aus dem bodenseeschwäbischen Raum stammt. Die Christusfigur ist hier abnehmbar. Vergleichbar hierzu ist das Vesperbild aus Radolfzell im Augustinermuseum Freiburg / Breisgau.
Darunter zeigt der Altar das eigentliche Gnadenbild der Jesuitenkirche. Dabei handelt es sich um eine Alabasterfigur der "Maria, Trösterin der Betrübten", die in der Mitte des 15. Jahrhunderts entstanden ist. Diese Figur kommt 1617 aus Widdern an der Jagst nach Bamberg und wird seit 1625 von den Jesuiten aufgestellt.
 Ebenfalls aus der alten Kirche stammt die sog. Angsttafel, ein Triptychon des frühen 16. Jahrhunderts. Diese zeigt das Abendmahl, Jesus am Ölberg und die Gefangennahme. Vorlage hierfür sind Albrecht Dürers Holzschnitte der Kleinen Passion.
Hinweis: Für Quellen zu dieser Seite sei auf die allgemeinen Quellen zu den Streifzügen verwiesen.
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