 Die ehemalige Chorherrenstiftskirche St. Jakob in Bamberg wird in seiner ersten Form in der Phase von 1070 bis 1109 errichtet und gehört zunächst dem nach 1065 gegründeten Augustinerchorherrenstift, das für Kanoniker eingerichtet wird. Die Kirche wird von West nach Ost gebaut und entspricht zunächst dem gezeigten Modell nach Entwürfen Manfred Schullers mit einer Flachdecke und einem schmalen, gewölbten Joch vor dem Ostchor und einem diesen Chor einfassenden Turmpaar. 1072 wird die Westkrypta in der Regierungszeit Bischof Hermanns geweiht und noch im selben Jahr werden die Kanoniker entfernt und das Stift an die Benediktiner von Bamberg - St. Michael übergeben. Dies scheint aber nur von kurzer Dauer gewesen zu sein: Um 1100 ist das Stift wieder in der Hand von Kanonikern. Bis zur Vollendung des Kirchenbaus dauert es bis 1109, als Bischof Otto der Heilige die Kirche weiht. Von dieser ersten Kirche hat sich eine Miniaturzeichnung des Grundrisses aus dem Jahr 1175 erhalten, die anzeigt, dass drei dreischiffige Basilikabau mit ihrem Westquerhaus neben dem erwähnten Turmpaar noch einen dritten Turm an der Südseite aufweist. Reste dieses Turmes haben sich wohl in der Beichtkammer erhalten. Am Ausgang der Romanik hat die Kirche somit zwei Chöre, zwei Krypten und drei Türme. Erhalten hat sich von dieser romanischen Kirche bis heute das Langhaus mit der dreischiffigen Gliederung und den schlanken, Arkaden bildenden, Säulen.
 Im Spätmittelalter erhält die Kirche an der Ostseite zwei neue Türme, von denen der südliche jedoch 1594 zu Teil wegen Baufälligkeit abgerissen wird und beim Neubau der Ostfassade 1771 weiter abgetragen wird. Der Unterbau des noch bestehenden Turms stammt aus der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts und ist spätromanisch ausgeführt und enthält im Inneren ein Kreuzrippengewölbe auf Säulenvorlagen, deren Basis- und Kapitellformen eine Entstehung im zweiten Viertel des 13. Jahrhunderts vermuten lassen. Erhalten hat sich hier ein Fries mit hufeisenförmigen Rundbogen analog zu St. Sebald in Nürnberg. Der obere Teil des Turmes zeigt bereits karge gotische Merkmale und ein Adlerwappen und entsteht entsprechend erst später (um 1300). Die heutige Turmhaube ensteht vermutlich um 1739. Der Westchor der Kirche mit seinem Kreuzrippengewölbe stammt aus dem frühen 15. Jahrhundert und wird im 18. Jahrhundert überarbeitet, wobei dann auch die Westkrypta (um 1720) verschwindet.
 Weitere Teile der Kirche stammen aus der gotischen Bauphase im 15. Jahrhundert: Dazu zählen der zweistöckige südliche Choranbau mit seiner Sakristei (um 1491) und die auf der Nordseite befindliche Sakristei (um 1400), die hier auf den Bildern gezeigt wird. Im südlichen Chorwinkel hat sich noch ein kleiner Anbau mit einem Bandrippengewölbe aus der Zeit um 1100 erhalten.
Die heutige Fassade an der Barockschauseite wird 1771/73 von Johann Michael Fischer errichtet. Aus dieser Zeit stammt auch das heutige Dachwerk mit seinem Lattenkreuzgewölbe, so dass nicht mehr klar ist, wie das Dach in der Gotik ausgesehen hat. Der mittlere Eingang dieser Fassade durchbricht dabei die frühere Apsis, so dass der Ostchor nun die Funktion einer Eingangshalle hat und die hier befindliche Krypta nicht mehr vorhanden ist.
Im Zuge der Säkularisation wird das Chorherrenstift 1803 aufgelöst und die Kirche soll auf Abbruch verkauft werden. 1805 wird die St.-Jakobs-Kirche auf kurfürstlichen Erlass an die Marianische Herren- und Bürgersodalität in Bamberg überlassen, also an eine katholische Laienvereinigung, die bereits 1618 unter dem Namen der "Glorreichen Himmelfahrt und Unbefleckten Empfängnis Mariens" gegründet wurde. Ab 1852 wird die Kirche dann vom Franziskanerkonvent als Klosterkirche verwendet.
 Die Ausstattung der Kirche stammt im Wesentlichen aus einer Phase 1866-1882, als die Kirche neuromanisch bzw. im Chor neugotisch ausgestattet wird (wobei besonders der Altar und das Gestühl zu erwähnen sind). Für die Reromanisierung 1866/67 zeichnet Jakob Schmitt-Friederich verantwortlich. Eine ältere Ausnahme bildet das spätbarocke Gemälde im Vierungsgewölbe.
Von der romanischen Kirche ist bekannt, dass 1112 ein Heilig-Grab-Altar geweiht wird und 1120 ein weiterer Altar "super pulpitum" geweiht wird. Von dieses Altären ist nichts mehr vorhanden.
 Der heutige neugotische Hochaltar enthält zentral eine Schnitzfigur der stehenden Muttergottes aus der Zeit um 1480. Im südlichen Querhausarm befinden sich weitere Holzfiguren, von denen ein Rochus und eine Katharina Ferdinand Dietz zugeschrieben werden (um 1760/70). Eine Barbara stammt noch aus der Spätgotik - vermutlich handelt es sich um eine bambergische Arbeit vom Anfang des 16. Jahrhunderts.
Im Umfeld der Kirche hat sich noch mittelalterliche Bausubstanz erhalten. So befindet sich im Westen des südlich an die Kirche angrenzenden Kreuzhofs noch der umgebaute Kapitelsaal des 11./12. Jahrhunderts. Im Innenhof der ehemaligen Stiftsdechantei am Jakobsplatz 14 mit ihren Fassaden des 17./18. Jahrhunderts befindet sich noch der Stumpf eines mittelalterlichen Turmes, der in das Hochmittelalter geschätzt wird.
 Besonders erwähnenswert sind die beiden spätgotischen Fresken, die sich an den Vierungspfeilern erhalten haben. Am rechten Pfeiler sind die Heiligen Otto, Erasmus und Sebastian dargestellt; links die Heiligen Katharina, Barbara und Margareta.
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